Secara administratif Desa Pemogan terdiri dari 17 Dusun yang masing-masing dikepalai oleh seorang Kepala Dusun sebagaimana tersebut dibawah ini:

1. Dusun Pemogan Kaja

2. Dusun Panti Sari

3. Dusun Panti Gede

4. Dusun Gunung

5. Dusun Gelogor Carik

6. Dusun Kajeng

7. Dusun Rangkansari

8. Dusun Sakah

9. Dusun Praja Raksaka

10. Dusun Taruna Bhineka

11. Dusun Mekar Jaya

12. Dusun Dukuh Tangkas

13. Dusun Jaba Jati

14. Dusun Jaba Tengah

15. Dusun Kampung Islam

16. Dusun Dalem Kesumasari

17. Dusun Dalem